Bonaire hat ein tropisches Klima mit viel Sonnenschein und kühlen Passatwinden. Die durchschnittliche Jahrestemperatur beträgt 29°C.
Es gibt kaum einen Unterschied zwischen Dat- und Nachttemperaturen und der Temperaturunterschied zwischen Sommer und Winter beträgt nur zwei Grad. Januar und Februar sind die kühlsten Monate mit einem Tagesdurchschnitt von 29°C und nachts um die 26°C. September und Oktober sind die wärmsten Monate mit Tagestemperaturen von 32/34°C.
Es gibt fast keinen Tag ohne Sonnenschein. Der durchschnittliche Regenfall liegt bei 500 mm pro Jahr. Der meiste Regen fällt in den Monaten Oktober, November und Dezember.
Es gibt keine Hurrikane auf Bonaire.
Die Meerwassertemperatur beträgt durchschnittlich 27°C.